北元小朝廷直属的中央禁卫军中的两员悍将，曾经参加过和林保卫战的太尉蛮子与太师哈剌章竭尽全力抵抗。
其中蛮子被郭英当场挥刀杀死，而哈剌章的大营亦在十多天后被蓝玉击破，所部“一万五千八百三户”与“马驴四万八千一百五十余匹”被俘，哈剌章本人下落不明。
这两个元朝老臣子昔日在和林并肩作战，死中求生，却在捕鱼儿海劫数难逃。
中央禁卫军作为北元正规军的主力，终于在这次决战中基本上被明军全歼。
而北元地方部队的主力脱因贴木儿所部也是螳臂当车，逃脱不了全军覆灭的命运。
脱因贴木儿逃跑时坠于马下，不得不潜伏在草丛之间，但最终未能躲过明军将士的搜捕。
此后，各种史料再也没有王保保旧部的任何记载，由此可知，这支依靠镇压红巾军起家的部队已经在捕鱼儿海与北元小朝廷一起结束。
北元主力既然遭到了毁灭性的打击，北元小朝廷也未能幸免。
大批皇室成员身陷囹圄，这些人员包括已故君主爱猷识理达腊的妻子、现任君主脱古思帖木儿的后妃及次子地保奴、公主等，成为阶下囚的各类达官贵人总共有二千九百九十九人。
值得一提的是，明军还在捕鱼儿海俘虏了北元吴王朵儿只。
朵儿只是成吉思汗同母弟哈赤温的后裔。他在世袭的封地上被俘，意味着成吉思汗亲自分封的哈赤温汗国遭到了毁灭性的打击。
只有脱古思帖木儿、太子天保奴以及少数随从趁乱逃出了包围圈。
明军出动精骑追击千余里，都督余通渊所部一直打到了克鲁沦河，因追之不及，方才撤了回来。战斗结束后，蓝玉为了以防万一，下令那些披挂着铠甲的俘虏兵卸甲。
各类铁甲、皮甲在地上堆成了一座座小山。
明军一一放火焚毁，而蒙古铁骑的威名也伴随着各种盔甲在熊熊的火焰之中灰飞烟灭。
但这绝不等于历史悠久的蒙古骑兵从此销声匿迹，这支被打散了的游牧军队能否东山再起有待后人。
明军放了这把冲天大火之后，遂班师。
战役结果
捕鱼儿海之战，蒙元损失十万人左右。而明军的损失却是微不足道，据说是“不费寸兵，以收其效。”
洪武五年和林之战中幸存下来的蒙元军队，主要有蛮子、哈剌章的军队及原属扩廓帖木儿的军队，这些军队全部参加了洪武二十一年的捕鱼儿海之战。
他们虽然在和林逃脱了灭亡的命运，却最终在捕鱼儿海未能幸免。
首先，蒙元小朝廷直属的蛮子及哈剌章二人的军队，他们一直承担着保卫蒙元小朝廷的任务，《明太祖实录》详细地记载了他们在捕鱼儿海与蒙元小朝廷一起覆灭的过程。
其次，还有扩廓贴木儿的军队。
扩廓贴木儿在和林之战之后跟随着爱猷识理达腊，转移到了“金山”，自然，扩廓贴木儿的军队也应该和爱猷识理达腊的军队会师在一起。
《明太祖实录》记载扩廓贴木儿“卒于哈剌那海之衙庭”，死亡时间是洪武八年八月。
其后，明军在洪武二十一年的捕鱼儿海之战中，俘虏了蒙元“詹事院同知脱因帖木儿”，脱因贴木儿就是扩廓贴木儿的弟弟。
而此战之后，各种史料再也没有关于原属扩廓贴木儿的军队的记载。
由此可知，包括脱因贴木儿在内的原属扩廓贴木儿的军队，已经在捕鱼儿海遭到了明军毁灭性的打击。
