太子李建成的部下、东宫翊卫车骑将军冯立得知李建成被杀，叹息道：“难道能够在太子生前蒙受恩惠而太子一死便逃避祸难吗！”
于是，他与副护军薛万彻、屈直府左车骑谢叔方率领东宫和齐王府的精锐兵马两千人，急驰赶到玄武门，准备为太子和齐王报仇。
危急时刻，张公谨臂力过人，他独自关闭了大门，挡住冯立等人，冯立等人无法进入。
东宫余党冯立、谢叔方率兵犯玄武门。
而守卫玄武门的将领，云麾将军敬君弘挺身出战，与中郎将吕世衡大声呼喊着向敌阵冲去，被东宫将领冯立所杀害，全部战死。
把守玄武门的士兵与东宫薛万彻等人奋力交战，战争持续了很久，薛万彻擂鼓呐喊，准备进攻秦王府。
这时，尉迟恭提着李建成和李元吉的首级给薛万彻等人看，东宫和齐王府的人马顿失战心，迅速溃散，薛万彻与骑兵数十人则逃入终南山中。冯立则丢掉兵器，落荒而逃。
政变发生时李渊正在宫内的海池上划船，李世民让尉迟恭入宫担任警卫。
尉迟恭身披铠甲，手握长予，径直来到李渊所在的船上。李渊大惊，问道：“今日作乱的人是谁?爱卿到此做什么?”
尉迟恭回答道：“秦王因为太子和齐王作乱，起兵诛杀了他们。秦王殿下担心惊动陛下，故派臣担任警卫。”
李渊对裴寂等人说：“不料今天竟然会出现这种事情，你们认为应当怎么办呢?”
萧瑀和陈叔达说：“建成与元吉本来就没有参与举义兵反抗隋朝的谋略，又没有为天下立下功劳。
他们嫉妒秦王功劳大，威望高，便一起策划奸邪的阴谋。
现在，秦王已经声讨并诛杀了他们，秦王功盖宇宙，天下归心，陛下如果能够决定立他为太子，将国家大事委托于他，就不会再生事端了。”
李渊说：“好！这正是我素来的心愿啊。”
当时，宿卫军和秦王府的兵马与东宫和齐王府的亲信交战还没有停止，尉迟恭请求高祖颁布亲笔敕令，命令各军一律接受秦王的处置，李渊听从了他的建议。
天策府司马宇文士及从东上阁门出来宣布敕令，众人便这样安定下来了。
李渊又让黄门侍郎裴寂前往东宫开导原李建成麾下的诸将士，将士们便都弃职而散。
于是，李渊召李世民前来，抚慰他说：“近些日子以来，我几乎产生了投杼的疑惑。”
李世民跪了下来，伏在高祖的胸前，号啕大哭良久。
政变结果
李建成的儿子安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，李元吉的儿子梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度等人均伏诛，并除宗籍。
秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”
于是诸将领停止了追杀。当天，李渊颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。
僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项事务，都任凭秦王处置。
