是年十一月，吴三桂起，杀云南巡抚朱国治，拘捕了按察使以下不顺从的官员，发布檄文，自称“原镇守山海关总兵官，今奉旨总统天下水陆大元帅，兴明讨虏大将军”。
佯称拥立“先皇三太子”，兴明讨清，蓄发，易衣冠，传檄远近，致书平南、靖南二藩及各地故旧将吏，并移回台湾郑经，邀约响应。
云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深等随吴三桂反。云贵总督甘文焜在贵州闻变，驰书告川湖总督蔡毓荣，急走至镇远，被副将江义以兵包围，甘文焜自杀，三藩之乱由此开始。
自1673年（康熙十二年）十一月二十一吴三桂起兵叛乱。至1681年（康熙二十年）十月二十九吴世璠自杀，清军进入昆明，三藩之乱历时八年。其演变过程，大致可分为三个阶段。
初期阶段
康熙时期，阶级矛盾这时已成为社会的主要矛盾；统治阶级内部矛盾也继续存在。
因此，当吴三桂刚一举起反清旗帜，明皇室以及郑经集团、部分汉宫、汉兵和少数民族上层人士，一些地区的农民、奴仆都迅速做出反应。
此外，三藩举起反清旗帜后，四川的几个土司、苗民、察哈尔蒙古布尔尼、青海墨尔根台吉等少数民族也相继响应。
相持阶段
1676年（康熙十五年）五月至十七年七月。
以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。
随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。
尚之信也相继投降。
孙延龄又被吴世璠杀于桂林。
于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。
两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。
清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
平定云南
1679年（康熙十七年）八月至二十年十月。
1679年（康熙十七年），吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。
同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。
清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军攻陷。
但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。
吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
清廷在平叛战争结束后，没收藩产入官充当军饷，撤藩回京师。
除吴三桂部调往边区站、台服役外，其余各部重新编入八旗。福州、广州、荆州派八旗兵驻防，广西、云南派绿营兵镇守，彻底消除了藩镇制。
此外，这次平叛战争的胜利，意味着受“三藩”割据之害的人民的解放，给这些地区的社会经济的恢复和发展提供了必要的条件，从而有利于边疆和内地经济、文化的交流。
之后，又于1683年灭亡了台湾的明郑政权。
至此彻底消灭了南明的抗清实力。从此有组织的反清复明运动不复存在。此后，清廷才开始从事行政和财政经济的调整改革，然后致力于解决边疆问题。
三藩之乱持续数年，影响多个省份，大大冲击了清政府的财政环境。
除了遭难地区出现税收的巨大流失，政府还投入巨额兵费以平定叛乱。
三藩之乱导致户部盈余在六年之内下滑85，1678年仅剩260万两，之后几年只会更少。
