嘉靖震怒，下令锦衣卫将翰林学士丰熙等8人逮入诏狱。一时群臣情绪更加激愤。左顺门前出现混乱，杨慎等人于是撼门大哭，一时声震阙庭。嘉靖大怒，派人将员外郎马理等五品以下官员一百三十四人逮入诏狱拷讯，四品以上官员八十六人姑令待罪。
此案经过嘉靖的亲自审理，四品以上夺俸，五品以下受杖，受杖者一百八十多人，其中十七人被杖死亡，另八人编伍充军。此外其他因为劝谏嘉靖遭受廷杖的官员更是数不胜数。
这次这三人因为弹劾严嵩而被廷杖，不少人都认为这是严嵩从中挑唆的结果。一众大臣见嘉靖毫无反应，就纷纷到内阁直庐请求严嵩，迫不得已，严嵩向嘉靖请求渐轻对三人的处罚。
没想到百官上疏嘉靖都不予理睬，严嵩上疏后，嘉靖当天就御批：赵锦等人上疏目的可疑，具明谤君上，情罪欺天锦衣卫亟发官校械系来京，问严鹄前职无有可疑，非为嵩情，令邪长正沮可乎？赵锦、周冕械至下诏狱杖四十，赎徒降杂职用，特旨黜为民，杨继盛罪行欺天，尚未审明查实，着锦衣卫严究！
一众臣子们更加确定此事就是严嵩从中作祟，怎么我们劝谏陛下就没有效果，你严阁老一上疏就从一百杖减少到四十杖。对此严嵩没有解释，他很清楚，这是嘉靖对他的敲打，他严嵩，只有一个主子，就是嘉靖，要是哪天嘉靖不再庇佑他了，严家就死无葬身之地了。
待到赵锦押到，陆炳先是通知了鄢懋卿叫他带着都察院的御史们来观刑，同时将已经在诏狱中的杨继盛和周冕提出来，准备执行廷杖。
王世贞他们早就得知杨继盛要再次被廷杖的消息，四处请托之下，托人送给杨继盛一副蛇胆，告诉他：“用此物可以止痛。”杨继盛收入袖中。一位苗姓校尉也送酒一壶，劝他：“可以就此吃蚺蛇胆。”但杨继盛拒绝，曰：“椒山自有胆，何必蚺蛇哉！”苗姓校尉又说：“不要怕。”杨继盛回答：“岂有怕打杨椒山者。”于是谈笑赴堂受打。
当杨继盛一瘸一拐的被锦衣卫押上来后，不少官员已经目眦欲裂，之前就听说杨继盛在诏狱备受折辱，今日得见，才知陆炳治下的锦衣卫一样是噬人的财狼。午门外不光聚集了都察院和科道的言官，不少六部和翰林院的官员也来此围观，纷纷怒骂陆炳。
刑科都给事中将早就签发的驾贴交给锦衣亲军校尉，冷冷的说道：“今日倒是得见纪纲、毛骧时的威风了，就是不知他日何以自处！”
陆炳不以为意，直接下令行刑，锦衣校尉手持刑杖上前，廷杖所用刑杖，大头径三分二厘，小头径二分二厘，长三尺五寸，以大荆条为之，每打五杖就换一批锦衣校尉，行刑完毕后，赵锦、周冕当即被家人抬走治疗，杨继盛还要继续被关押在诏狱中。
看着杨继盛已经被疼的昏厥过去，由两名锦衣校尉夹持着拖走，王世贞、李春芳、张居正等人冲上前去想要看一眼杨继盛，但是都被锦衣校尉给拦住了，只能眼睁睁看着杨继盛被拖走。
